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En 2020, Sebastián Villa fue demandado por su expareja Daniela Cortés por violencia de género. El futbolista fue apartado del plantel por varios meses.
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Edwin dejó plantado el avión privado que Boca le dispuso para regresar a Argentina después de la Copa América para preparar los octavos de final de Libertadores. El jugador tomó un vuelo a Colombia.
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Sebastián Villa quería dar el salto a Europa, pero Boca rechazó las tres ofertas que hizo el Brujas de Bélgica. Por ende, el jugador se dejó de entrenar y viajó a Colombia.
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Sebastián Villa viajó a Colombia argumentando problemas personales, pero en su estadía fue visto de fiesta con amigos, incumpliendo normas de bioseguridad y tomando alcohol.
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En una entrevista, Riquelme aseguró que Villa le faltó el respeto al club, pero el colombiano respondió en redes sociales que nunca fue su intención hacerlo.
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Aún suspendido, Sebastián Villa decidió no acompañar al equipo en el Superclásico contra River Plate. Los lesionados sí lo hicieron.